【2026年10月施行】在留手続き手数料の大幅改定(段階制・オンライン優遇)と実務上の注意点

在留資格

2026年10月1日以降の申請分より、出入国在留管理庁における在留資格(ビザ)の変更・更新、および永住許可の手数料が大幅に改定されます。

今回の改定は、従来の「一律料金」から、審査の結果として実際に許可された期間に応じた「段階制(後払い)」へと移行するほか、オンライン申請の利用を促すための価格差(オンライン優遇)が設けられているのが大きな特徴です。

外国人住民の皆様、および外国人を雇用する企業の担当者様におかれましては、今後のコストシミュレーションや社内規程の見直しの参考にしてください。

■ 新旧手数料の比較・料金表(1人あたり)

在留資格の変更・更新手続きの手数料は、従来の「一律6,000円」から、入管の審査結果として「実際に許可された期間」に応じて金額が確定する仕組みに変わります。

許可された期間(審査結果)従来の料金(現行)改定後の料金(窓口)改定後の料金(オンライン)
3ヶ月 以下一律 6,000円10,000円10,000円(※割引なし)
3ヶ月超 6ヶ月以下一律 6,000円18,000円15,000円
6ヶ月超 1年未満一律 6,000円25,000円21,000円
1年一律 6,000円33,000円27,000円
1年超 3年未満一律 6,000円48,000円42,000円
3年以上 5年未満一律 6,000円64,000円54,000円
5年 以上一律 6,000円75,000円65,000円
永住許可一律 10,000円200,000円(※窓口申請のみ)

※申請時点では手数料は確定せず、許可が下りて「通知(ハガキ等)」が届いた段階で正確な金額が判明します。不許可(不交付)となった場合は、従来通り手数料はかかりません。
※永住許可申請はオンライン申請の対象外(窓口申請のみ)となります。

■ 専門家視点:1万件超の「パブリックコメント」は意味があったのか?

今回の改定にあたり、政府が実施したパブコメ(意見公募)には、1万件を超える異例の反対意見や懸念が寄せられたようです。結果として、最大7万5,000円(永住20万円)という大幅な値上げの基本路線そのものは覆りませんでした。
この結果だけを見ると「単なるアリバイ作りで無意味だった」と感じるかもしれません。しかし、実務の観点から見ると、パブコメは「一定の歯止めと激変緩和措置を勝ち取った」という意味で、決して無意味ではないとのこと。ここら辺は見方によります。
さて、具体的には、パブコメでの強い反発を受け、以下のような修正・救済措置が追加されたようです。
・生活困窮者や住民税非課税世帯を対象とした「手数料の免除・減額措置」の対象範囲が拡大されたこと
・一挙に負担が増える中小企業や外国人本人へ配慮し、オンライン申請時の割引幅が一部拡充されたこと

政府側も「100%のゼロ回答」ではなく、実務上の運用において配慮せざるを得なかった背景があった。
意見公募としての機能は最低限果たされた??

今回の手数料案の算定根拠
在留管理の年間費用を572億円とした上で、このうち中長期の在留外国人数約291万人で割った金額約2万円に審査による人件費など実費1万円を加算した3万円を基礎としているという。(報道ベース)

「特定技能」における実務上の特異性と深刻な影響

今回の法改正で、最も大きな実務的影響を受けるのが「特定技能」の在留資格を活用している企業様です。特定技能には、他ビザにはない以下のような「特異性」があり、運用コストを直撃します。

  1. 「4ヶ月」「6ヶ月」の短期許可が頻発するリスク
    特定技能は、事前の「定期報告」の提出状況や、受け入れ企業の経営状態、あるいは本人の社会保険の加入状況等によって、入管の判断で「4ヶ月」や「6ヶ月」、あるいは「1年未満(10ヶ月など)」といった短い許可期間しか下りないケースが少なくありません。
    これまでは期間に関わらず一律6,000円でしたが、今後は短い期間で何度も更新を繰り返すことになれば、結果として数年間で支払う累積手数料は数倍に膨れ上がることになります。
  2. 手数料の「費用負担」に関する実務上の注意点
    「技術・人文知識・国際業務」などの就労ビザと同様、特定技能においても、入管へ支払う「申請手数料(収入印紙代)」や行政書士への報酬自体を外国人本人に負担させることは、法律(運用要領)上は禁止されていません。しかし、特定技能では「どの費用を誰が負担するか」を事前に書面で明記して入管に届け出る必要があります。また、現在の深刻な人手不足(売り手市場)の中では、他社との採用競争やスタッフの定着(転職防止)の観点から、これらの更新費用を「企業側が全額負担」することが実務上は一般的となっています。今回の値上げは、実質的に受け入れ企業のコスト増に直結すると捉えておくべきでしょう。
  3. 監理費(支援委託費)への跳ね返り
    登録支援機関に支援を委託している場合、これまでは申請手数料を「実費」として処理していた部分が数万円規模に跳ね上がります。また、オンライン申請への移行手続きに伴うシステム対応のため、登録支援機関側から費用負担の調整を求められるケースも想定されます。

■ 当事務所からのアドバイス

今回の改定は、単に「実費が高くなる」というレベルに留まらず、ビザの許可期間の長さが「企業の法定費用コスト」を直接左右する時代への突入を意味しています。
確実かつ安定して「3年」や「5年」の長期ビザを勝ち取るための適切な申請管理と、コストを抑えるためのオンライン申請への完全移行は、今や企業防衛の必須条件です。


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この記事の監修者 行政書士 髙橋 一夫
2026-8-27

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